Se cree que el topónimo Farnetella derive de la palabra “farnia” (árbol de la familia  de las encinas con hojas más anchas y pequeñas).  En los alrededores de Farnetella existen  muchas  farnias, sobre todo en la zona de Castelvecchio.

No existen  restos  antiguos sobre el origen de Farnetella, que se sitúa en el Medievo en el periodo entre los siglos  V y  VI . En un primer momento fue la residencia de una rama de la familia de los Cacciaconti o, lo que es lo mismo, de los condes de Sialenga. La aldea desde el principio fue situada encima de una colina altísima, sobre  la que hoy es la zona abitada. Estaba rodeada de murallas y tenía una posición prácticamente  inexpugnable.

En la zona interna existía un castillo que  alrededor del año 1000 se describe como “ potente y inaccesible” , que pertenecía al pequeño “dominio” de los nobles Barotti ,en  el cual se incluía tambièn  San Gimignanello, Montalceto (hoy llamada Torre San Alberto) y Castiglioni (tambièn llamado Castiglion Barotti) en los alrededores de Rapolano Terme. En ella se hallaba además un amplio señorío, una corte,varias casas, una Iglesia pequeña y una capilla. Al inicio del siglo XII, tras una guerra, Montalceto, San Gimignano y Farnetella fueron ocupados por los condes de La Scialenga (los Cacciacontes). El primer documento que se refiere a Farnetella es del año 1175 ; por virtud de éste Siena ordenaba  a los condes Scialengui la devolución  del castillo de Farnetella a sus antiguos propietarios , es decir los condes Barotti. Estos volvieron a poseder el castillo, pero ya en el 1234 el emperador Federico II concedió formalmente Montalceto a IIdibrandino de Guido Cacciaconti, perteneciente a los Scialengui, los quales poco despuès tomaron el poder en  Farnetella.

En el 1271 Farnetella fue acusada de alta traición a la República de Siena, por aver dado cobijo a los Ghibellini tras su huida de la ciudad. En realidad  no se puede afirmar  con certeza si fueron los habitantes de Farnetella y Rigomagno a ofrecer  cobijo o si fueron los mismos  Ghibellini a “invitarse”  a la aldea.Como consecuencia de estos hechos a Farnetella se le aplicó una Ley del 1242 por la cual los castillos  del contado de Siena, que se juzgaban culpables de traición a la República, eran  destruidos  sin posibilidad ninguna  de recostrucción.  Y fue asi que el castillo de Farnetella fue destruido completamente por las tropas seneses del Terzo de Camollia, por orden del Vicario Monforte.

En Enero del 1295 los habitantes de Farnetella enviaron una “supplica” a Siena, en la que manifestaban su inocencia. Pasado un mes, en Febrero de 1295, el Consejo General de la Campana, concedió a todos los que eran inocentes el derecho de  volver a habitar en la corte de Farnetella. Los habitantes recostruyeron rápidamente la aldea, cambiando sin embargo su ubicación, con la típica estructura a tres calles y una leve pendencia que todavía conserva , inspirándose para ello probablemente a la antigua estructura de Rigomagno.

         En el año 1324, después de que Farnetella fuera recostruida, Messer Deo Gucccio Tolomei, rebelde del Ayuntamiento de Siena, la saqueó con sus tropas,la devastó e incendió. Los habitantes  con paciencia volvieron a  reconstruir su pueblo con una muralla más amplia.

         En el año 1554, Farnetella  sufrió un nuevo asalto por parte del destacamento del ejército de Carlos V del qual se defendió con coraje.

         La aldea de Farnetella continuó siendo por  mucho tiempo  un ayuntamiento independiente, su anexión al Ayuntamiento de Sinalunga se sitúa a finales del siglo XVIII.